Según archivos de la empresa, Babahoyo por ubicación geográfica sufrió los embates inclementes de la naturaleza, las inundaciones que sufría la ciudad eran de gran magnitud, ocasionando pérdidas y afectando la economía de los habitantes.

Los cultivos se perdían, el comercio entraba en recesión, la economía se volvía escasa. El desbordamiento del río Babahoyo llenaba las calles, plazas y lugares de masiva concurrencia, al mismo tiempo las viviendas se inundaban, el agua estaba en todas partes y consigo acarreaba  pestes y enfermedades.

La provisión de agua era un grave problema, la población se abastecía de pozos subterráneos que dejaban de funcionar cuando todo se llenaba de agua. Sin embargo estos problemas invernales no fueron motivos para desanimar a nuestro pueblo fuerte y guerrero, por el contrario tomaron impulso para levantar la ciudad.

Luego de varios intentos por solucionar estos inconvenientes en 1985 se crea el Proyecto de Desarrollo Urbano de Babahoyo para emprender la búsqueda de recursos que permitan solucionar las terribles inundaciones. Se recibió un crédito del Banco de Reconstrucción Alemán KFW por 46 millones de marcos alemanes, que en dólares hacían 23 millones.

Luego de los estudios y diseños en 1990 se inicia la obra para proteger a la ciudad de las inundaciones y en 1995 mediante Ordenanza Municipal se constituye la Empresa Municipal de Saneamiento Ambiental de Babahoyo. Al mismo tiempo se elabora la estructura para su funcionamiento con oficinas para Atención al cliente, Departamento técnico, Gestiones de cobro, Gerencia, Financiero entre otros.

Actualmente EMSABA EP administra los servicios de distribución de agua, gestión de aguas residuales y pluviales, prevención y mantenimiento de sistemas de alcantarillado y de líquido vital en el cantón. Además brinda asesoramiento al sector rural, en algunos casos otorga sistemas nuevos.